Für den Atlas wurde ein drei Ebenen umfassendes räumliches System von Einzugsgebieten entwickelt: Die grossen Einzugsgebiete (Flussgebiete) mit Flächen von meist mehreren 1000 km² bilden die oberste Ebene. Die Bilanzierungsgebiete sind aus der Unterteilung der Flussgebiete entstanden; es handelt es sich um Einzugsgebiete mit Flächen zwischen 100 und 150 km². Die in der Tafel dargestellten kleinen Einzugsgebiete (30 bis 50 km²) ergeben die unterste Ebene des Raumsystems. Durch Aggregation bzw. Disaggregation lassen sich die Einzugsgebiete der drei Ebenen ineinander überführen. Innerhalb einer Ebene können die Einzugsgebiete direkt verglichen werden.
